Najlepszą metodą profilaktyki próchnicy jest fluoryzacja wody pitnej (do stężenia 1 cząsteczka na million). W rejonach, gdzie wody się nie fluoryzuje, wskazane jest podawanie fluoru w postaci tabletek, dawka zależna jest od stężenia fluoru w wodzie pitnej (dane można uzyskać w sanepidzie). Ze względu na ryzyko przedawkowania i wystąpienia fluorozy, a także niesystematyczność rodziców w podawaniu fluoru ta metoda profilaktyki wyszła nieco z użycia. Bezpieczniejsza jest fluoryzacja kontaktowa - pasty z fluorem u dzieci starszych (powyżej 2. roku życia), a u małych dzieci fluoryzacja odpowiednimi płynami, lakierami co pół roku (przy znacznym ryzyku próchnicy cztery razy w roku).