Chorobę wywołuje wirus z rodziny Flaviviridae. Najczęstszą przyczyną zakażenia tym wirusem jest ukąszenie kleszcza (stąd nazwa choroby), choć można też zarazić się pijąc skażone surowe mleko krowie, owcze lub kozie.
Kleszcze występują w Polsce coraz liczniej. By je spotkać nie trzeba zapuszczać się w leśne ostępy, te pajęczaki atakują nawet w miejskich parkach. Konsekwencją ukąszenia przez kleszcza może być borelioza lub zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu. Nie wszystkie kleszcze przenoszą groźne choroby, ale liczba tych zarażonych rośnie z roku na rok, prawdopodobnie w związku z ocieplaniem się klimatu. Największe niebezpieczeństwo występuje w rejonie warmińsko-mazurskim, podlaskim i na terenie województwa zachodniopomorskiego.
O ile w przypadku boreliozy nie mamy możliwości zabezpieczenia się przed chorobą, to przed kleszczowym zapaleniem mózgu można się zaszczepić. Jest to dodatkowe szczepienie, zalecane osobom, które są szczególnie narażone na kontakt z kleszczami. Na kleszczowe zapalenie mózgu można szczepić dzieci powyżej pierwszego roku życia.
Szczepienie podstawowe obejmuje 3 dawki, a później trzeba pamiętać o szczepieniach przypominających co 3 lata.
Nie dysponujemy jeszcze lekami, które pozwoliłyby zatrzymać namnażanie się wirusów kleszczowego zapalenia mózgu w organizmie niezaszczepionej osoby, gdy już doszło do zakażenia, jedynym sposobem pozostaje więc chronienie się przed wkłuciem kleszcza i szczepienia.
Samego wkłucia się kleszcza można nie zauważyć, gdyż wgryzając się wstrzykuje on w skórę człowieka substancje znieczulające. U większości osób, które zostały zakażone wirusem, sama choroba również postępuje początkowo niezauważenie, nie dając żadnych objawów. Jeśli symptomy zakażenia wystąpią, to choroba przebiega w następujących po sobie fazach:
U dzieci kleszczowe zapalenie mózgu ma zazwyczaj łagodniejszy przebieg niż u dorosłych. Jego objawami są bóle głowy, zmęczenie i podwyższona temperatura. Również powikłania po chorobie zdarzają się rzadziej niż u dorosłych (u 2% małych pacjentów). U jednej czwartej dzieci, śladem po przebyciu zapalenia bywają kłopoty z koncentracją.
U większości dorosłych kleszczowe zapalenie mózgu pozostawia po sobie różne problemy neurologiczne, w cięższych przypadkach dochodzi do porażeń i niedowładów - konieczna jest rehabilitacja. W Polsce 2% wszystkich przypadków kończy się śmiercią.
Bardzo trudno jest zdiagnozować kleszczowe zapalenie mózgu na początku rozwoju choroby, gdyż objawy jakie daje nie wskazują na poważną infekcję. Jednoznaczną diagnozę można postawić dopiero na podstawie badania serologicznego próbki krwi. W drugim stadium choroby wykonuje się również badanie płynu mózgowo-rdzeniowego.