Do zakażenia wewnątrzmacicznego dochodzi na skutek przemieszczenia się bakterii z dróg rodnych poprzez uszkodzony a czasem nawet nienaruszony pęcherz płodowy, który stanowi pewne zabezpieczenie przed zakażeniem, ale niestety, nie jest ono stuprocentowe. Zdarza się również niekiedy, że do zakażenia wewnątrzłonowego dochodzi poprzez łożysko, gdy z jakiegoś powodu dojdzie do bakteriemii, to znaczy pojawienia się bakterii w układzie krążenia matki.
Nieleczone zakażenie wewnątrzłonowe stanowi poważne zagrożenie dla noworodka, jednak wcześnie rozpoznane i prawidłowo leczone (antybiotykami o szerokim spektrum) z reguły nie pozostawia żadnych trwałych śladów.