Przy rozpadzie każdej krwinki czerwonej powstaje żółty barwnik - bilirubina - który po przetworzeniu przez wątrobę trafia z żółcią do jelit. Niedojrzała wątroba noworodka nie nadąża za tym szczególnie intensywnym rozpadem i żółty barwnik krąży we krwi. Najpierw widoczny jest na białkówkach oczu, podniebieniu, a potem na skórze.
Żółtaczka fizjologiczna pojawia się w 2. lub 3. dniu życia i od 5. dnia stopniowo słabnie, by zniknąć w drugim tygodniu życia dziecka. U wcześniaków może zacząć się później i trwać dłużej. Jeżeli stężenie bilirubiny we krwi jest niepokojąco wysokie lub zamiast spadać - rośnie, dziecko zostanie na obserwacji w szpitalu. Przy dużym stężeniu bilirubina może odkładać się w mózgu. Żeby temu zapobiec, stosuje się naświetlanie specjalne lampą, a czasem konieczna jest nawet transfuzja krwi. Żółtaczka fizjologiczna nie pozostawia po sobie żadnych następstw.
Jeżeli objawy żółtaczki pojawiają się już w 1. dobie życia lub dopiero w 2. tygodniu u dziecka donoszonego, to najprawdopodobniej nie jest to żółtaczka fizjologiczna i potrzebne będą dalsze badania dla ustalenia przyczyny.