Dzieci karmione mlekiem modyfikowanym dość często mają skłonność do zaparcia. Tę skłonność zmniejszają te rodzaje mleka, które mają w swym składzie prebiotyki lub probiotyki. Proponowałbym więc zmienić mleko na takie, które zawiera tego rodzaju pożyteczne składniki. W walce z zaparciem pomóc może również zastosowanie laktulozy.
Zielone stolce mogą być następstwem wzbogacania mleka modyfikowanego w żelazo. Mogą też świadczyć o alergii na białka mleka krowiego. W tej ostatniej sytuacji należy, po konsultacji z pediatrą, zmienić rodzaj mleka modyfikowanego i podać dziecku preparat mlekozastępczy, tzw. hydrolizat białkowy, który kupuje się w aptece na receptę.