Wydalanie szkodliwych substancji odbywa się na dwa sposoby - z powrotem przez łożysko do krwi matki oraz przez nerki płodu do płynu owodniowego. Najbardziej niebezpieczne dla dziecka jest przyjmowanie leków w pierwszym i trzecim trymestrze ciąży. Na ulotce dołączonej do każdego leku powinna być informacja o tym, czy wolno go zażywać w ciąży.
W pierwszych trzech miesiącach ciąży rozwijający się zarodek jest najbardziej wrażliwy na toksyczne działanie leków. Farmakoterapia może spowodować poronienie lub doprowadzić do powstania wad wrodzonych.
W późniejszym okresie ciąży leki mogą wywołać zaburzenia wzrostu płodu i czynności jego narządów.
Niedługo przed porodem lekarstwa podane matce mogą powodować niekorzystne objawy u noworodka - dotyczy to zwłaszcza silnych środków przeciwbólowych (Dolargan, Fortral), które wywołują kłopoty z oddychaniem i ssaniem.
Po porodzie substancje obecne w organizmie matki (poza nielicznymi wyjątkami) przenikają do mleka i wywierają wpływ na dziecko. W okresie karmienia piersią powinno się przyjmować leki równie ostrożnie jak podczas ciąży.